Schon 1960 organisierten Ernst Kullmann und Wolfgang Crome ein erstes Treffen deutscher Arachnologen am Rande der Jahresversammlung der Deutschen Zoologischen Gesellschaft in Bonn. Bis zur Gründung der AraGes folgten vier weitere Treffen. Die Arachnologischen Mitteilungen erschienen zum ersten Mal im August 1991 als Publikation der Arachnologischen Arbeitsgemeinschaften Deutschlands.

Die Gründungsversammlung der Arachnologischen Gesellschaft e.V. (AraGes) fand am 13. Oktober 1996 im Rahmen eines Treffens der deutschsprachigen Arachnologen in Adelsheim-Sennfeld statt. Die Eintragung in das Vereinsregister des Amtsgerichtes Bayreuth erfolgte am 26. Juni 1997. Als kommissarischer Vorstand der AraGes fungierten Theo Blick (Vorsitzender), Ambros Hänggi, Barbara Baehr (Stellvertreter) und Stefan Litsche (Kassenwart).

Am 25. April 1998 fand die erste Mitgliederversammlung der Arachnologischen Gesellschaft e.V. in Mainz statt. Zu diesem Zeitpunkt zählte der Verein 212 Mitglieder. Seitdem finden Mitgliederversammlungen und AraGes Tagungen in dreijährigem Turnus statt (siehe auch Treffen).

Regionale arachnologische Arbeitsgemeinschaften als Vorläufer der AraGes verfügen über eine lange Tradition. Die NORAA (Nordostdeutsche Arachnologische Arbeitsgemeinschaft) ging aus dem Arbeitskreis Arachnologie im Kulturbund der DDR hervor, man traf sich von 1978 bis 1989 meist jährlich. Von 2002 bis 2007 fanden die NORAA-Treffen unter dem Namen „Hallescher Arachnologentag“ statt. Die NOWARA (Nordwestdeutsche Arachnologische Arbeitsgemeinschaft) existierte von 1993 bis 2006. Der einzige derzeit aktive Regionalverband ist die SARA (Südliche Arachnologische Arbeitsgemeinschaft), die seit 1989 jährlich zu Treffen einlädt. Die AraGes unterstützt Aktivitäten zur Gründung, Wiederbelebung bzw. Fortsetzung der regionalen Arbeitsgemeinschaften.